中小企业在申请常州ISO9001认证时面临的挑战主要包括：

1. 对标准的理解与解读难题：ISO9001标准具有一定的抽象性和复杂性，中小企业可能难以深入理解并妥善应对这些标准的要求。

2. 企业内部管理体系的整合困境：许多中小企业在申请ISO9001认证之前，已经存在一定的质量管理模式和运营流程，但这些可能与ISO9001标准不完全兼容或存在差距。整合现有管理体系与ISO9001标准成为一个棘手的问题。

3. 文件化体系的构建与管理艰巨任务：中小企业可能缺乏专业的质量管理人才和完善的文件记录系统，在记录质量数据和过程信息时，可能因人力不足而难以保证数据的准确性和完整性。

4. 认证审核的不确定性与应对压力：认证审核具有一定的不确定性，审核员的专业素养、审核风格以及对标准的理解和把握程度可能存在差异，这使得企业难以完全预测审核结果。

5. 质量管理意识落后：部分中小企业可能存在质量意识相对低下的问题，对质量管理的重要性缺乏足够的认识，导致质量管理体系建设和实施效果不佳。

6. 对ISO9001认证在认识上的误区：一些企业可能认为ISO9001质量体系只适用于大企业，对中小企业而言难以操作，或者将质量认证看作是新的行政性检查、评比、验收，从而采取习惯性的应付态度。

7. 质量管理基础工作发展滞后：许多中小企业在质量管理的基础工作，如计量工作、标准化工作、质量信息管理等方面发展滞后，体系不健全。

8. 对质量管理工作的投入严重不足：一些中小企业可能由于资源限制，难以满足质量管理的要求，导致质量管理工作投入不足。

9. 资源投入障碍：实施ISO9001认证需要投入大量的人力、物力和财力资源，中小企业可能面临资源不足的问题，如培训成本、设备更新、文档编制等。

10. 组织变革挑战：ISO9001认证要求企业建立和改进质量管理体系，涉及到组织结构、流程、责任等方面的变革，可能会遇到内外部环境的阻力和不适应。

中小企业在申请ISO9001认证时需要克服这些挑战，通过合理规划、资源优化、有效沟通、培训和建立改进文化等措施来提升质量管理水平，从而顺利通过认证。